Merkez öğrenci seçimine müdahale etmez. Yalnızca seçim için gereken genel kriterleri belirler ve seçimin tarafsız yapılması için kurallar koyar. Merkez seçimlerin tarafsız yapıldığından şüphe duyulması halinde seçim komisyonunda yer alabilir.

Üniversiteler Merkez tarafından ülke genelinde belirlenen kriterlerle çelişmemek ve programın ruhuna aykırı olmamak kaydıyla kendi özel kriterlerini belirlemekte ve uygulamakta serbesttirler (Örn: mezuniyet döneminde öğrenci göndermemek gibi).