Duruşmaların birinden önce Tahirü’l-Mevlevi Atıf Hoca ile bir parça konuşma imkânı bulur. Hoca, Teali-i İslâm Cemiyeti’nin Anadolu’ya –İstiklâl Harbi aleyhinde- hiçbir beyanname göndermemiş olduğuna dair Vakit gazetesi ile yapılan ilanın para kesesinde gizlediği maktuasını mahkemeye gösterdiğini, beyanname cürmünden cemiyetin beri olduğuna dair heyete kanaat geldiğini, Şapka risalesini kanunun neşrinden bir buçuk sene evvel tab’ ettirmiş olduğunu, ikinci bir defa basılmak şöyle dursun, ilk baskısının tamamı ile satılmadığını ispat ettiğini, söyler Tahirü’l-Mevlevi’ye.
- Sonunu nasıl görüyorsun, diye sorar, Tahirü’l-Mevlevi.
Hoca emindir, bütün deliller ve vicdan onun suçsuz olduğuna hükmetmektedir aslında.
- Cürüm bulunmadı ki ceza verilsin. Tabii beraat umuyorum.
Savcı ve mahkeme heyeti aynı kanaatte değildir Atıf Hoca ile. Savcı Necip Ali Küçüka, 2 Şubat günü okuduğu iddianame ile Atıf Hoca hakkında üç yıl ağır hapis cezası istedi. Atıf Hoca, iddia makamına son celsede, ertesi günü, cevap verdi. Müdafaanamesini bizzat okudu, sonra dosyasına konulmak üzere mahkeme reisine uzattı.
Savcı tekrar söz aldı, iki esasa dayandırdı ceza talebini; birincisi Teali-i İslâm Cemiyeti’ne Hocanın üye olması ve bu cemiyetin ülke İngilizlerin işgali altında iken kapatılmamış olması, ikincisi ise Hoca Efendi’nin Frenk Mukallitliği kitabının satış adedini 1300 olarak tespit edememesi, yani bundan daha fazla kitabın satılmış, dağıtılmış olma ihtimalinin olması. Savcı son sözünde sanık hakkında mahkeme heyetine son bir ikazda bulunur, Hoca’nın modern yaşam ile bağdaştırılabilecek bir durumda bulunup bulunmadığını yüce mahkemenin takdirine havale eder. Karar aynı gün 3 Şubat 1926 Çarşamba günü açıklandı. İskilipli Hoca Atıf ve Babaeski eski müftüsü Ali Rıza Efendilerin salben idamına...
Tekrar Tahirü’l-Mevlevi’nin hatıralarına müracaat edelim: “Handa idim. Ortalık aydınlandı. Kalktım ve abdest aldım. Sabah namazını cemaatle kılmak hatırıma geldi ise de o civarda cami olup olmadığını henüz bilmiyordum. Yine yatağın üstünde oturduğum yerde kaldım. Kahve içmek için odadan dışarı çıktım. Hanın içinde bir kahvehane vardı. Lakin kahveci henüz mangalı uyandırmamıştı. Sokağa çıktım. Eski Meclis binasına doğru birkaç adım attım. Birden bire gözüme ilişen bir manzara beni olduğum yerde mıhladı. Evet, eski Meclis’in önündeki meydanın ortasına iki tane sehpa dikilmiş, onların arasına da beyazlar giydirilmiş iki vücut çekilmişti. Yüzleri diğer tarafa müteveccih olan bu cesetlerden birinin Atıf Efendi olduğu, boyunun uzunluğundan ve hâlâ görünen metin vaziyetinden anlaşılıyor, o ref’i vaziyetiyle merhum hayattaki halinden yüksek görünüyordu. Bila-ihtiyar gözlerimden yaş akarken dudaklarımdan da meşhur bir mersiyenin matla’ı olan; “Sen hayatta da ölümde de yüce / Hakkıyla mucizelerden bir tanesin” beyti döküldü. “
Şehit edildiğinde tam elli yaşında idi. Cenazesi ailesine teslim edilmedi, Cebeci civarında kimsesizler mezarlığına gömüldü.